行星球磨機的運轉方式類似于恒星和行星之間的運轉，當設備工作時，主輪盤朝一個方向高速轉動，而罐座內部的軸朝反方向轉動，兩種相反方向轉動的作用力同時疊加作用在球磨罐上，球磨罐內部的研磨介質獲得的能量就非常大了。此時獲得能量的研磨介質對樣品進行撞擊、擠壓和摩擦，就能完成樣品的研磨。
球磨儀球磨罐和研磨球的清洗方式
1、加水清洗
水是平常清洗的常用液體，在清洗前先將球磨罐和研磨球進行浸泡，同時可以加入洗滌劑、洗潔精等，隨后用刷子進行清理。
2、加入相應溶劑清洗
對于某些樣品殘留，只用水是很難清除干凈的，這時可以利用殘留物料的化學性質，加入可以使其溶解的清洗溶劑，如丙酮、丁酮、乙醇(酒精)、草酸、鹽酸等，然后浸泡清洗。使用溶劑進行清洗時，要避免加入的溶劑與球磨罐、研磨球材質發生化學反應。
此外，對于采用濕法球磨的樣品，可以直接使用與研磨時相同的溶劑進行清洗，效果也不錯。
3、球磨儀空載運行清洗
球磨儀在運轉工作時，球磨罐內的研磨球會高速運動，進行撞擊和摩擦。依據這個原理，可以結合上述兩種方式，將要清洗的研磨球和清洗溶劑同時放入球磨罐中，然后打開機器讓球磨儀空載運行，大約半個小時到一個小時，球磨罐和研磨球上面的殘留樣品就能很有效的被去除了，再用水沖刷即可。
球磨儀空載運行清洗時，轉速不可設置太高，以降低研磨球的損耗及球磨儀能耗。使用此種方式進行清洗時，可以加入的清洗物除了水、洗滌劑以外，還可以加入三氧化二鋁粉、細沙、石英砂(對于合金化的樣品殘留)或小尺寸的剛玉球等，增大接觸摩擦，往往會產生不錯的清洗效果。
4、使用等離子或超聲波清洗機
這種方式屬于機械式振動清洗，可破壞殘留樣品與待清洗件表面的吸附，從而達到清洗的效果。對于某些油脂類或粘黏性強的樣品，此種方式是比較適合的。
